Józef Życiński urodził się 1 września 1948 r. w Nowej Wsi k. Piotrkowa Trybunalskiego. W 1972 r., po ukończeniu studiów w Wyższym Częstochowskim Seminarium Duchownym w Krakowie, przyjął święcenia kapłańskie. W 1976 r. na Wydziale Teologicznym w Krakowie uzyskał stopień naukowy doktora teologii. Drugi stopień doktora, tym razem filozofii, uzyskał na Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie. Habilitował się w 1980 r.
Od 1981 r., z nominacji bp. Stefana Bareły, wchodził w skład pierwszego zespołu redakcyjnego „Niedzieli”. W latach 1982-1985 pełnił funkcję prodziekana, a od 1988 do 1990 r. - dziekana Wydziału Filozoficznego Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie. Jest inicjatorem serii zeszytów „Zagadnienia Filozoficzne w Nauce”, wydawanych przez PAT, edycji angielskiej „Philosophy in Science”, wydawanej przez PAT, Obserwatorium Watykańskie i Uniwersytet w Tucson, oraz serii wydawniczej „Philosophy in Science Library”, poświęconej problematyce interdyscyplinarnej, wydawanej przy współpracy z Obserwatorium Watykańskim.
Od 4 listopada 1990 r. do 14 czerwca 1997 r. był biskupem tarnowskim. 14 czerwca 1997 r. został mianowany arcybiskupem metropolitą lubelskim. Pełnił urząd Wielkiego Kanclerza Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. Był też jednym z najbardziej aktywnych członków Papieskiej Rady ds. Kultury. W latach 1999-2005 należał do Wspólnej Grupy Roboczej Kościoła Katolickiego i Światowej Rady Kościołów.
Przewodniczył Radzie Programowej Katolickiej Agencji Informacyjnej. Uczestniczył jako konsultor, współpracownik i członek w pracach wielu światowych środowisk naukowych. Był m.in. członkiem Europejskiej Akademii Nauki i Sztuki w Salzburgu, Rosyjskiej Akademii Nauk Przyrodniczych oraz Komitetu Biologii Ewolucyjnej i Teoretycznej Polskiej Akademii Nauk. Zasiadał w Radzie Naukowej Fundacji Johna Templetona, przyznającej nagrody określane mianem „teologicznego Nobla”. Otrzymał doktorat honoris causa kilku uczelni, m.in. Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie.
Abp Życiński był pomysłodawcą i organizatorem trzech Międzynarodowych Kongresów Kultury, które odbyły się w Lublinie. Napisał wiele książek eseistycznych o kulturze, nauce i społeczeństwie, m.in.: „Medytacje sokratejskie”, „Bóg i ewolucja. Podstawowe pytania ewolucjonizmu chrześcijańskiego”, „Bóg postmodernistów. Wielkie pytania filozofii we współczesnej krytyce moderny”, „Odyseusz czy playboy? Kulturowa odyseja człowieka”. Abp Życiński miał także bogaty dorobek publicystyczny.
Interesował się filozofią nauki, kosmologią relatywistyczną, metalogiką, historią nauki i badaniem relacji między nauką a wiarą, filozofią procesu Whiteheada i jej rolą we współczesnym wykładzie chrześcijańskiej doktryny.