Urodził się 19 grudnia 1964 roku w Inowrocławiu. Studia Filozoficzno - teologiczne w Prymasowskim Wyższym Seminarium Duchownym w Gnieźnie ukończył w 1988 roku uzyskując tytuł magistra z zakresu teologii moralnej na Papieskim Wydziale Teologicznym w Poznaniu. Święcenia kapłańskie przyjął 13 maja 1989 roku w katedrze gnieźnieńskiej z rąk kard. Józefa Glempa.

Studiował teologię moralną na Papieskim Uniwersytecie Laterańskim w Rzymie. Tam obronił pracę doktorską nt. eklezjalnego wymiaru grzechu i pojednania w posoborowym nauczaniu Kościoła.

Po powrocie w 1995 roku do Polski ks. Polak rozpoczął wykłady z teologii moralnej w Prymasowskim Wyższym Seminarium Duchownym w Gnieźnie. Od 1 sierpnia 1999 pełnił w tamtejszym Seminarium funkcję rektora.

W 1998 r. został adiunktem w Zakładzie Teologii Moralnej i Duchowości Wydziału Teologicznego Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.

Święcenia biskupie przyjął 4 maja 2003 w katedrze gnieźnieńskiej. Udzielił mu ich Henryk Muszyński, arcybiskup metropolita gnieźnieński, któremu asystowali arcybiskup metropolita poznański Stanisław Gądecki i biskup pomocniczy gnieźnieński Bogdan Wojtuś. Jako swoje zawołanie biskupie przyjął słowa Dominum confiteri Iesum, (Wyznawać Jezusa jako Pana).

24 września 2005 r. biskupi wybrali go delegatem Konferencji Episkopatu Polski ds. powołań. Jako przewodniczący Krajowej Rady Duszpasterstwa Powołań wskazywał, że celem rady jest tworzenie płaszczyzny współpracy oraz przygotowywanie liderów duszpasterstwa powołaniowego w diecezjach i zakonach. "Chodzi nam o to, żeby pokazać, że rodzina jest kolebką każdego powołania. Dzisiaj pewien deficyt polega nie tyle na tym, że może nie być powołań do kapłaństwa czy życia konsekrowanego, ale że w ogóle młody człowiek nie traktuje swego życia jako powołania do małżeństwa, kapłaństwa czy życia konsekrowanego" - mówił bp Polak.

W 2009 r. bp Polak jako jeden z dwóch biskupów pomocniczych został wybrany członkiem Rady Stałej KEP.

W latach 2006 – 2011 pełnił pięcioletnią kadencję przewodniczącego Europejskiej Służby dla Powołań (European Vocation Service) delegata CCEE (Rady Konferencji Biskupich Europy) ds. powołań.

W listopadzie 2009 r. bp Polak został wybrany delegatem ds. duszpasterstwa emigracji polskiej. Odwiedzał rodaków w Europie, Stanach Zjednoczonych i Australii i koordynował działania duszpasterskie wśród wielomilionowej rzeszy rodaków poza granicami kraju i nawiązywał kontakty z miejscowymi episkopatami.

15 października 2011 r. został wybrany na sekretarza generalnego Konferencji Episkopatu Polski. "Potrzebujemy nowej ewangelizacji i nowego stylu myślenia" - mówił w wywiadzie dla KAI zaraz po wyborze. „Sytuacja jaka zaistniała w Polsce jest wołaniem o autentyczne, chrześcijańskie świadectwo. Nie chodzi tyle o obronę instytucji czy o konfrontację z jej przeciwnikami lecz o poważny wysiłek nowej ewangelizacji” – wyjaśniał.

Pełniąc ten urząd olbrzymi nacisk kładzie na wypracowywanie dalekosiężnej strategii duszpasterskiej Kościoła w Polsce. Chodzi mu o Kościół głęboko osadzony w Ewangelii a zarazem otwarty na duszpasterskie wyzwania stawiane przez otaczający świat. Jest powszechnie doceniany i lubiany przez ogół polskich biskupów. Charakteryzuje go też duże otwarcie ekumeniczne, utrzymuje bardzo dobre relacje z Kościołami Polskiej Rady Ekumenicznej. Jest kapłanem bardzo otwartym na współpracę ze świeckimi.

Jako sekretarz generalny wiele wysiłku poświęca budowaniu dobrych zewnętrznych relacji Kościoła ze światem polityki oraz mediów. Uczestniczy w pracach Komisji Wspólnej Rządu i Episkopatu oraz w pracy Zespołu Roboczego Kościelnej Komisji Konkordatowej ds. Realizacji 22 art. Konkordatu, którego celem są żmudne negocjacje z rządem na temat zastąpienia Funduszu Kościelnego dobrowolnym odpisem podatkowym.

Jako sekretarz Episkopatu był też mocno zaangażowany na końcowym etapie w przygotowanie "Wspólnego Przesłania do Narodów Polski i Rosji". 17 sierpnia 2012 r. podpisali je w Warszawie abp Józef Michalik i patriarcha Cyryl. W ślad za tym bp Polak został wybrany przewodniczącym Zespołu KEP ds. Kontaktów z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym. Uczestniczył aktywnie w przygotowaniach i był współautorem koncepcji polsko-rosyjskiej konferencji: "Przyszłość chrześcijaństwa w Europie. Rola Kościołów i narodów Polski i Rosji", jaka odbyła się w Warszawie 28 - 30 listopada 2013 r. Celem tej konferencji była nie tylko kontynuacja rozpoczętego dialogu z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym, ale przeniesienie go na grunt szarzej pojętych wspólnot kościelnych, ruchów i stowarzyszeń religijnych - słowem pomoc w budowaniu społeczeństwa obywatelskiego w Rosji w oparciu o chrześcijańską inspirację.

Koordynował też prace nad polsko-ukraińską deklaracją z okazji 70-rocznycy zbrodni wołyńskiej Kościoła katolickiego w Polsce i Ukraińskiego Kościoła Greckokatolickiego. Podpisy złożyli pod nią także abp Mieczysław Mokrzycki, łaciński metropolita Lwowski oraz abp Jan Martyniak stojący na czele metropolii greckokatolickiej w Polsce. Padły w niej prorocze słowa m.in. o niezbędności współpracy „wolnej Polski z wolną Ukrainą, by w tej części Europy panował pokój, ludzie cieszyli się wolnością religijną, a prawa człowieka nie były zagrożone”.

Bp Polak był mocno zaangażowany w przygotowanie i opracowanie wytycznych KEP dotyczące postępowania kościelnego w przypadku oskarżeń duchownych o czyny pedofilne. Zasady te zostały przyjęte 20 czerwca 2009 r. – dwa lata wcześniej zanim watykańska Kongregacja Nauki Wiary zobowiązała lokalne episkopaty do przygotowania takich opracowań. Nowa wersja wytycznych - po otrzymaniu dodatkowej instrukcji Stolicy Apostolskiej - została przyjęta w marcu 2012 r., a później opracowane zostały do niej szczegółowe aneksy. 27 września 2013 r. podczas głośnej konferencji prasowej bp Polak podkreślił, że każda ofiara pedofilii domaga się ze strony Kościoła nie tylko przeproszenia, ale podjęcia głębokiej refleksji w relacji do tej ofiary. Wyznał także, że przypadki pedofilii wśród duchownych są dla Kościoła sytuacją niezwykle bolesną i trudną.

Bp Wojciech Polak jest członkiem Rady Stałej Konferencji Episkopatu Polski oraz członkiem Papieskiej Rady ds. Duszpasterstwa Migrantów i Podróżujących a także m.in. członkiem Komisji Wspólnej Przedstawicieli Rządu RP i KEP i przewodniczącym Zespołu KEP ds. Kontaktów z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym.

Ceni dobrą literaturę, szczególnie pisarstwo Gustawa Gerlinga-Grudzińskiego; jego pasją są także górskie wędrówki, zwłaszcza w Tatrach.