Przy podejmowaniu decyzji wzięto pod uwagę: wymogi uniwersyteckie co do liczby studentów na zajęciach oraz zalecenia kongregacji względem liczby kleryków w seminariach.

Bydgoskie seminarium powołał w 2004 roku ówczesny ordynariusz diecezji biskup Jan Tyrawa. Pierwszym rektorem został ks. prof. Wojciech Szukalski. Zgromadzenie Ducha Świętego w swoim seminarium w Bydgoszczy, użyczyło wówczas gościny bydgoskim klerykom. Przełomowy był rok 2007, kiedy seminarium przeniosło się do budynków przy ul. Grodzkiej, które diecezja otrzymała od władz miasta. Wówczas na wszystkich rocznikach naukę rozpoczęło 57 kleryków. Nad ich rozwojem czuwało pięciu moderatorów.

– Seminarium zaznaczyło się na duchowej i kulturowej mapie Bydgoszczy – powiedział rektor ks. dr Marcin Puziak, przypominając najważniejsze wydarzenia w historii uczelni. Przez mury seminarium przeszło łącznie prawie 180 kleryków. Księżmi w diecezji bydgoskiej zostało 79. – Taka jest nasza historia. Mamy za co dziękować Bogu, bo wydarzyło się wiele pięknych rzeczy – dodał ks. dr Marcin Puziak.

Dziękując rektorowi, który z dniem 30 czerwca będzie proboszczem parafii w Panigrodzu, bp Włodarczyk przypomniał, że przepracował on w seminarium 15 lat, najdłużej ze wszystkich moderatorów. – Najpierw przez siedem lat jako ojciec duchowny, a potem przez osiem jako rektor – dodał bp Włodarczyk. – Przypadło ci trudne doświadczenie prowadzenia seminarium w okolicznościach lawinowego spadku liczby kleryków a także moderatorów, drastycznych wzrostów wymogów uniwersyteckich i różnych innych trudności – mówił bp Krzysztof Włodarczyk.

Spotkanie było okazją do podziękowania wielu osobom świeckim i duchownym, którzy byli związani z seminarium. W modlitwie pamiętano również o tych, którzy odeszli do wieczności.

Nowym prefektem i opiekunem kleryków został ks. Paweł Białczyk, wyświęcony na kapłana w 2016 roku. W budynkach przy ul. Grodzkiej nadal swoją siedzibę będą miały: Prymasowski Instytut Kultury Chrześcijańskiej oraz Izba Pamięci Męczenników Diecezji Bydgoskiej. Decyzją biskupa ordynariusza działalność rozpocznie również Centrum Edukacyjno-Formacyjne, którym będzie kierował ks. dr Paweł Hoppe, pełniący do 27 sierpnia posługę ojca duchownego.