Jak już zostało wspomniane, jednym z najstarszych, a zarazem pierwszych kościołów w Kłodzku była prawdopodobnie drewniana świątynia-kaplica, początkowo pod wezwaniem świętego męczennika Wacława, odnotowana już w 1183 r. Kolejna pisana wzmianka, w której zawarto informacje o budowie w tym miejscu nowego kościoła, pochodzi z końca XIII wieku. Być może w tym czasie przystąpiono jedynie do prac czysto organizacyjnych, czyli wykupu gruntów i wytyczenia parceli pod przyszłą świątynię, wykreślenia rzutu i rozplanowania fundamentów oraz zbiórki funduszy niezbędnych do zakupu podstawowych materiałów budowlanych. Do 1364 r., w którym to arcybiskup praski Arnošt z Pardubic dokonał zapisu testamentowego na budowę nowego kościoła, nie ma żadnych informacji czy zamierzona przed siedemdziesięciu laty inicjatywa wzniesienia świątyni została zawieszona i jakie były przyczyny.
Na przełomie XIV i XV wieku - prawdopodobnie już od 1390 r., rozpoczęto wznoszenie kościoła w formie trójnawowej bazyliki, którą znamy w obecnym kształcie - jednakże na tym etapie wyciągnięto jedynie część wschodnią: od prezbiterium do czwartego przęsła w kierunku zachodnim oraz zasklepiono nawy boczne. Niewątpliwie na takie przyspieszenie prac wpływ miała osobista donacja Arnošta, jego wcześniejsze angażowanie się w sprawy dotyczące pomyślności miasta, a przede wszystkim objawienie się Matki Bożej arcybiskupowi, które miało miejsce w kaplicy Panny Marii w Kłodzku. W tym kontekście zauważyć można, iż miasto już od czasów wczesnego średniowiecza posiadało oprócz niewątpliwych walorów urbanistycznych niezwykle mocne atuty wspierające jego rozwój, o których inne ośrodki mogły jedynie zamarzyć, które paradoksalnie wcale się nie zdewaluowały, a wręcz wzmocniły. Budowę kościoła, zapoczątkowaną wielkim wsparciem, prowadzono - co było rzeczą naturalną - etapami, których przedziały czasowe często dzieliły krótsze lub dłuższe, nieregularnie wypadające przerwy warunkowane różnorakimi przyczynami, takimi jak wojny religijne, lokalne waśnie, pojawiające się w tamtych czasach liczne „wędrujące” po Europie choroby i zarazy czy prozaiczne nieurodzaje przekładające się na spadek zamożności mieszczan i biedę mieszkańców wsi.
W drugiej dekadzie XV wieku - ok. 1432 r. - zakończono wznoszenie części zachodniej korpusu, w której również zasklepiono przęsła naw bocznych oraz zamknięto południową kryptę. Zapewne nawa główna przykryta została drewnianym stropem, istniejącym do ok. 1555 r., w którym to mistrz Łukasz Schleierweber ze Świdnicy założył sklepienie.