Zdawało się, że tak niedawno w świątyniach odczytywano słowa bp. Monasterskiego, jaki wystosował do wiernych przed swoim wyjazdem do Rzymu na soborową sesję: „Mam nadzieję w Bogu, że wbrew niegodziwym omamieniom i podszeptom bezbożnym, które synowie ciemności z okazji Soboru tego przeciw Kościołowi świętemu rozszerzać usiłują między Wami, wytrwacie silnie i mężnie w wierze świętej i przywiązaniu do Kościoła świętego. Aczkolwiek ciałem odległy od Was, ale duchem jestem z Wami i nie przestanę sercem ojcowskim u grobu książąt Apostolskich modlić się za Wami i błogosławić Wam, jako i teraz na pożegnanie błogosławię: Łaska Pana i Zbawiciela naszego niechaj będzie z wszystkimi Wami. Amen”.
Tak, było to 8 listopada, a teraz osierocona diecezja czekała na kolejnego pasterza. Mianowany wikariuszem kapitulnym, jeszcze przed wyjazdem zmarłego biskupa, ks. infułat Józef Hoppe prosił w liście: „Wzywam Was, abyście odprawili modły o skrócenie sieroctwa tej diecezji, i o nadanie nam Biskupa, Pasterza i Ojca w Chrystusie według serca Bożego”.
Dopiero 27 kwietnia 1870 r. biskupem przemyskim został prekonizowały prałat lwowski Maciej Hirschler.
- Jak tam nowy Pasterz? - zapytał Józefa jego proboszcz podczas krótkich odwiedzin w Kończynie.
- Mąż niezmiernego miłosierdzia, ale słabych sił. Raz też tylko pokazał się na wizycie kanonicznej, zresztą mało czynny, ale ma znakomitych pomocników w osobach ks. Hoppego, rektora Skwierczyńskiego i kanclerza Ignacego Łobosa.
Może to właśnie cierpienie spowodowało, że docenił potrzebę duchowej mocy dla kapłanów, zwłaszcza tych chorych, słabych. Z myślą o wszystkich założył w diecezji Stowarzyszenie Księży „Bonus Pastor”, które między innymi organizowało rekolekcje kapłańskie i misje ludowe. Dla Józefa ten czas przyniósł kilka życiowych zmian. Najpierw w miesiącu wrześniu odszedł z Seminarium na probostwo do Błażowej ks. Józef Krakowski. Pelczarowi przypadła w udziale katedra teologii pastoralnej, której się nie spodziewał, ale z czasem polubił ten przedmiot. Inną radością była konstytucja dogmatyczna Pastor aeternus, którą przyjął z wielką radością i nauczył się jej na pamięć. Z bólem nasłuchiwał wiadomości tyczących zabiegów Emanuela III zmierzających do zagarnięcia państwa kościelnego i przerwania obrad Soboru. Było to tym boleśniejsze, że Pius IX ogłosił się więźniem Watykanu.
Pogarszające się warunki bytowe zaowocowały nawrotem choroby żołądkowej, której to choroby nabawił się jeszcze w Samborze. Wyjechał zatem na jakiś czas do Kończyny, na kilkutygodniową kurację. Cierpienie, samotność, uciążliwość kuracji zaowocowała ponowną myślą o wstąpieniu do zakonu jezuitów. Bał się jednak pomyłki i dlatego postanowił w tej intencji pojechać do Ziemi Świętej. Wybrał się na nią za zgodą i błogosławieństwem biskupa ze swoim serdecznym przyjacielem, proboszczem w Święcanach, ks. Karolem Krementowskim.
Iście Pawłowa to była podróż. Najpierw przeżyli burzę morską, którą tak opisuje w swojej Autobiografii: „Wtenczas Bóg zdawał się bliższym, a Jego wszechobecność ogarniała i przygniatała duszę, w której uroczysta zaległa cisza. O, jakże wtenczas dusza rwała się do Boga i podobna do lutni tęskne wylewała tony. Zaprawdę Bóg tylko jeden duszy wystarczy”.
Już na miejscu, zamknięci wraz z przyjacielem i jeszcze innym z księży na całą noc w kościele Grobu Pańskiego, przeżyli niepowtarzalne doświadczenie wiary. „O błoga nocy - szeptał Pelczar - jakże ty miłym wspomnieniem zostaniesz na całe życie...”.
Potem była Kalwaria i spowiedź przeżyta w tak szczególnym miejscu. Ks. Krementowski nie omieszkał odciągnąć myśli przyjaciela od zamiaru wstąpienia do jezuitów.
- Co dalej o tym myślisz? - zapytał, kiedy schodzili z góry.
- Nie wiem, nie podjąłem jeszcze decyzji. Wiesz, że to nie jest ucieczka. Ale przy moim stanie zdrowia, życie we wspólnocie zakonnej będzie dla mnie łatwiejsze i nie będę przysparzał nikomu kłopotu.
- Gdyby Pan Bóg chciał Cię mieć w zakonie znalazłby na to sposób. Teraz przestań już o tym myśleć.
Okazji do myślenia było jednak sporo. Kolejne święte miejsca, potem sanktuaria w drodze powrotnej. Do rozmowy nie wrócili już jednak.
Po powrocie przybyły nowe obowiązki. Najpierw został spowiednikiem sióstr benedyktynek i radcą konsystorza biskupiego, od 1873 r. powierzono mu w seminarium drugi przedmiot - prawo kanoniczne.
Fakt, że dostrzegano jego talent, niewątpliwie cieszył. Ale jak to już od pewnego czasu działo się w jego życiu, wraz z radością przychodziły doświadczenia, choroba i duchowe zmagania. Nie pomogła karlsbadzka kuracja i jesienią znów dokuczała choroba.
Niespodziewanie dla ks. Karola pojawił się list, w którym Pelczar prosił o wstawiennictwo u odpowiednich władz, celem załatwienia parafii Tarnowiec. Ks. Karol najpierw się trochę ucieszył, bo byliby blisko, ale potem jakby ochłonął i postanowił zaczekać z podejmowaniem jakichkolwiek kroków. Intuicja go nie myliła. Już za kilka dni otrzymał list, w którym Józef przepraszał go za fatygę i donosił, że ostatecznie podjął decyzję o zrezygnowaniu z parafii. Co prawda podjął jeszcze rozmowy o Krasiczynie z księciem Sapiehą, ale i ta rozmowa nie przyniosła pomyślnego zakończenia, co było na rękę i Józefowi i samemu księciu, który Krasiczyn obiecał już komuś innemu.
Wydawało się, że posada w przemyskim Seminarium będzie już teraz przeznaczona Pelczarowi na dłuższy czas. Ale Opatrzność znowu „sprawiła” niespodziankę. Po wielu latach pracy na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego odszedł na emeryturę profesor teologii pasterskiej ks. Józef Wilczek. Tym razem Pelczar nie miał wątpliwości co do swojej decyzji. Pozostawał problem, czy zostanie ona zaakceptowana przez władze uniwersyteckie. Z pomocą przyszli jednak mocni „protektorzy” - sam biskup przemyski Hirschler, prałat Albin Dunajewski, profesor prawa Fryderyk Zoll, i sprawę udało się pomyślnie załatwić. Była jeszcze jedna protektorka, o której głośno nie mówił - Matka Boża Leżajska, do której udał się w specjalnej pielgrzymce w 1876 r.
Tak więc 19 marca 1877 r., w dzień swoich imienin, co Pelczar zawsze uważał za znak woli Bożej, nadeszła od cesarza nominacja na profesora zwyczajnego historii kościelnej i prawa kanonicznego na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego.