Parafia została erygowana 15 sierpnia 1995 r. przez biskupa drohiczyńskiego Antoniego P. Dydycza. Jej pierwszym proboszczem został ks. Zygmunt Bronicki, dotychczasowy wikariusz parafii kolegiackiej w Węgrowie (1992-1995).
Funkcję tymczasowego kościoła pełni do dnia dzisiejszego kaplica cmentarna, zbudowana w 1941 r. staraniem ks. dr. Józefa Moniuszki (1887-1958), ówczesnego proboszcza hajnowskiego (1939-1947). Została on wzniesiona na polecenie komisarza niemieckiego, aby zmarłych nie wnosić do kościoła. Od 1976 r. w miesiącach letnich odprawiano tutaj Msze św. w niedziele, w godzinach popołudniowych. We wrześniu 1977 r. został przeniesiony i umieszczony tutaj ołtarz główny z kościoła pw. Podwyższenia Krzyża Świętego w Hajnówce, ponieważ w absydzie kościoła farnego położono mozaikę.
W 1995 r. staraniem obecnego proboszcza ks. Zygmunta Bronickiego kaplica cmentarna została rozbudowana tak, by mogła pełnić funkcję tymczasowego kościoła. 13 października 1996 r. została ona poświęcona przez bp. Antoniego P. Dydycza. W 1997 r. parafia otrzymała od Urzędu Miasta Hajnówka część placu po byłym szpitalu z przeznaczeniem pod przyszły kościół i budynki parafialne. Obecnie trwają zaawansowane prace przy wznoszeniu nowej świątyni w stylu neobarokowym. Jej projekt wykonał arch. Michał Bałasz z Białegostoku. Kamień węgielny poświęcił Ojciec Święty Jan Paweł II czasie wizyty apostolskiej w Drohiczynie 10 czerwca 1999 r. Uroczystego aktu wmurowania tegoż kamienia dokonał 21 maja 2000 r. bp Antoni P. Dydycz.
Tuż przy cmentarzu grzebalnym mieści się drewniana plebania zbudowana w latach 30. XX w.

Kaplice:
Hajnówka - kaplica więzienna pw. bł. Honorata Koźmińskiego w Areszcie Śledczym, zorganizowana w 1996 r. staraniem ks. kan. Alfonsa Trochimiaka (1934-1996), proboszcza parafii farnej (1970-1996). Jej wystrojem w latach 1996-1997 zajął się ks. Zygmunt Bronicki. Aktu poświęcenia kaplicy dokonał w dniu 17 lutego 1997 r. bp Antoni P. Dydycz.

Bibliografia: J. E Kulpa, Zarys historii parafii rzymskokatolickiej w Hajnówce (1923-1993), Drohiczyn 1993 (mps).

Porządek Mszy św.:
- niedziele i święta:
- kościół parafialny: 9.00, 11.00, 16.00
- kaplica pw. bł. Honorata Koźmińskiego w Areszcie Śledczym: 15.00
- święta niebędące dniami wolnymi od pracy:
- kościół parafialny: 9.00, 11.00, 17.00
Odpusty w parafii: św. Cyryla i Metodego - 14 lutego; Matki Bożej Fatimskiej - 13 maja
Nabożeństwo adoracyjne: 10-13 maja
Księgi metrykalne:
Księgi Chrztów: od 1995 r.
Księgi Małżeństw: od 1995 r.
Księgi Zmarłych: od 1995 r.