Likwidacja szkół katolickich we Włocławku, choć osłabiła w jakiejś mierze pozycję Kościoła, to wcale nie oznaczała eliminacji jego wpływów wśród młodzieży. Przywiązania do religii nie mógł zniszczyć również ZMP. Jak wynika z protokółu posiedzenia KM PZPR we Włocławku z 26 maja 1950 r., młodzież szkolna trwała przy tradycji katolickiej, a samo członkostwo w ZMP nie było równoznaczne z akceptacją ideologii głoszonej przez tę organizację.
W walce o dusze młodego pokolenia partia najostrzej atakowała księży prefektów. Do najbardziej nieprzejednanych wrogów tzw. demokracji ludowej zaliczano ks. Władysława Szafrańskiego, prefekta Gimnazjum Ziemi Kujawskiej, oraz ks. Stanisława Piotrowskiego, prefekta Liceum Pedagogicznego i działacza harcerskiego, który wchodził nawet w skład Komendy Hufca ZHP „Powiśle”. Ks. Szafrańskiemu zarzucano podburzanie młodzieży szkolnej, aby 3 maja 1948 r. wyszła na ulice, czemu miały rzekomo zapobiec działania władz bezpieczeństwa.
Młodzież miały odciągać od Kościoła także różne atrakcyjne formy spędzania czasu w święta i niedziele, m. in. tzw. poranki filmowe. Na posiedzeniu Prezydium MRN 28 lutego 1950 r. podjęto w tej sprawie specjalną uchwałę, aby w godzinach przedpołudniowych w każdą niedzielę odbywały się takie poranki.
Od chwili zakończenia wojny trwał spór między Kurią Diecezjalną a władzami miasta o zwrot budynku Niższego Seminarium Duchownego we Włocławku oraz o prawo do posiadania cmentarza katolickiego. Sprawa zaszła tak daleko, że w maju 1946 r. przybył do Włocławka delegat premiera Edwarda Osóbki-Morawskiego, który na miejscu miał zapoznać się z tą sprawą i ewentualnie doprowadzić do jej polubownego załatwienia. Do porozumienia jednak nie doszło.
Władze polityczne Włocławka przy różnych okazjach zarzucały duchowieństwu katolickiemu wręcz kliniczną wrogość wobec komunizmu i powojennej rzeczywistości. Oskarżano Kościół, nie mając racji merytorycznych, o wykorzystywanie w tej walce ambony i konfesjonału. Z tego względu bp K. Radoński zachęcał księży do ostrożności, co władze odbierały jako „kroki pojednawcze ze strony władz duchownych”.
Sposób i natężenie prowadzonej inwigilacji duchowieństwa obrazuje zdarzenie z wiosny 1946 r. w parafii Mazowsze (dekanat czernikowski). Tamtejszy proboszcz ks. Czesław Żurmanowicz po Rezurekcji (20 kwietnia) stanął w obronie Domu Ludowego, który władze komunistyczne, reprezentowane przez sekretarza gminnego PPR w Mazowszu Edwarda Biernackiego, bezprawnie zabrały parafii. Według relacji sekretarza partii, złożonej 22 kwietnia w PUBP w Lipnie, zdarzenie to miało następujący przebieg: „20 kwietnia 1946 r. o godz. 7.00, po Rezurekcji, ks. Czesław Żurmanowicz wszedł na ambonę i zaczął składać następujące życzenia: «Wesołego Alleluja - najpierw tym dobrym parafianom, później tym słabszym w wierze, później tym co raz w roku chodzą do kościoła. I znowu tym oprychom i bandytom, a na samym ostatku i tobie, Judaszu, życzę Wesołego Alleluja, tobie, który chciałeś sprzedać Dom Ludowy w obce ręce. Tak jak Judasz zawisł na szubienicy, tak i dla ciebie rośnie podobna gałąź, i ty na niej zawiśniesz z twoimi pomocnikami»”. Na tym raport został zakończony.
Władze komunistyczne oprócz inwigilacji, również bezpośrednio próbowały wpływać na poszczególnych proboszczów, sondując, a niekiedy zastraszając w prowadzonych z nimi rozmowach.
Celem władz państwowych i partyjnych było nie tylko podważenie autorytetu Kościoła, lecz także zniszczenie jego materialnej bazy i organizacji. Dotyczyło to majątku ziemskiego i innych dóbr tzw. martwej ręki, jak również instytucji od dawna związanych z działalnością Kościoła. Na początku lat pięćdziesiątych zamarła prasa katolicka we Włocławku. W 1953 r. jako ostatni z tytułów przestał wychodzić Ład Boży. I choć prawdą jest, że decyzje o likwidacji katolickich pism zapadały w Warszawie, to niemały w tym udział miały miejscowe środowiska polityczne przez stałe akcentowanie ich negatywnego wpływu na postawę społeczeństwa.
Po wpłynięciu do Sejmu 6 marca 1950 r. projektu ustawy o przejęciu przez państwo dóbr „martwej ręki” i o poręczeniu proboszczom posiadanych gospodarstw rolnych oraz utworzeniu tzw. Funduszu Kościelnego, przystąpiono do likwidacji majątków Seminarium Duchownego we Włocławku. Całą tę operację poprzedziła zmasowana kampania propagandowa, w której wiodące miejsce zajmowała Gazeta Kujawska.
Staraniem Prymasa Polski Stefana Kardynała Wyszyńskiego 14 kwietnia 1950 r. doszło do formalnego porozumienia między państwem a Kościołem, ale postanowienia te pozostały martwą literą i nie były realizowane. I choć władze polityczne Włocławka nie organizowały już masowych akcji propagandowych w zakładach pracy, być może ze względu na ich małą efektywność, to jednak agresja wobec Kościoła była stale obecna w działalności KM PZPR. Można powiedzieć, że pierwsze powojenne lata stanowiły dla Kościoła rzymskokatolickiego w Polsce okres szczególnej próby, z której Kościół wyszedł zwycięsko dzięki temu, że był z narodem, a naród był z Kościołem.